آیت الله سید محمد موسوی بجنوردی میفرمودند : اگر آقا مصطفی بماند ، یک اثر عظیمی در جهان اسلام می‌گذارد . چون کمتر کسی است که هم در فلسفه ، هم در عرفان ، هم در فقه ، هم در اصول ، هم در تفسیر ، هم در رجال‌ ، هم در ادبیات ، هم در شعر ، هم در تاریخ سرآمد باشد . در حافظه، خدای حافظه بود . اصلاً مجموعه‌ای عجیب بود. کم می‌شود کسی در این سن باشد و این مقدار اطلاعات علوم مختلف را داشته باشد. لذا وقتی با بزرگان بحث می‌کرد معمولاً همه را مغلوب می‌‌کرد . بیان بسیار خوب ، حافظه فوق‌العاده و استعداد عجیب و غریبی داشتند .

آیت‏ اللَّه حاج سيد مصطفي خميني در آذرماه 1309 ش در قم به دنيا آمد و پس از گذراندن دوران ابتدايي، در 16 سالگي به تحصيل علوم اسلامي روي آورد. وي از سال 1330 در درس خارج پدر فرزانه خويش و آيت ‏اللَّه بروجردي حاضر شد و از محضر آيات عظام علامه طباطبايي، سيد محمد محقق داماد، شيخ مرتضي حائري و سيد محمد باقر سلطاني طباطبايي بهره برد. ايشان از سال 1341 همراه با امام به مبارزه با رژيم پرداخت و در پيشبرد نهضت اسلامي نقش بسزايي ايفا كرد. وي پس از تبعيد حضرت امام به تركيه، با سيل خروشان مردم خشمگين به خيابان‏ها آمد و به بيوت مراجع رفت. پس از اين حركت ضد رژيم، عوامل طاغوت او را دستگير و پس از آزادي چند روزه، به تركيه تبعيد كردند. حاج آقا مصطفي پس از چند ماه حضور در تركيه، در مهر 1344 ش به همراه پدر به نجف رفته و به درس و بحث پرداخت. ايشان از همان جا نيز شيوه‏هاي نوين مبارزه با شاه را دنبال مي‏كرد و مشاوري برجسته و متعهد براي امام بود. در نجف، مد تي به دليل كوشش‏هايي كه عليه رژيم ضداسلامي عراق انجام داد دستگير شد و او را به شدت از فعاليت‏هاي سياسي منع كردند. سرانجام آيت‏اللَّه مصطفي خميني در اول آبان 1356 ش برابر با 9 ذي قعده 1397 ق در 47 سالگي به شكل مرموزانه‏اي به شهادت رسيد. حضرت امام، رحلت حاج سيدمصطفي را از الطاف خفيه الهي خواندند و در مورد فرزند دلبندشان فرمودند: “مصطفي اميد آينده اسلام و ايران بود”. بازتاب خبر ارتحال ايشان، ابعاد بسيار وسيعي به خود گرفت و در حركت توفنده مردم انقلابي مؤثر بود.بدن مطهر آن شهيد با آب فرات غسل داده شد و در كنار مقبره علامه حلي در صحن امام علي(ع) مدفون گرديد.

ازآيت‏ اللَّه حاج سيد مصطفي خميني آثار متعددي بر جاي مانده است كه مكاسب محرمه در 2 جلد، تفيسر قرآن در 3 جلد و كتاب الاصول از آن جمله‏ اند.